Дорадчим органом управління філією є директорат, до складу якого входять директор, заступник директора з організаційних питань, завідувачі кафедр, керівники відділів, завідувач відділу управління персоналом.

Методичну раду очолює директор філії.

Органом студентського самоврядування філії є Студентський парламент, вищим органом студентського самоврядування є загальні збори студентів. Вінницька філія Європейського університету здійснює підготовку спеціалістів за напрямами: «Економіка і підприємництво» та  «Менеджмент».

Напрям підготовки —«Економіка і підприємництво»
Спеціальності :
6.030508, 7.03050801 — Фінанси і кредит,
7.03050802 — Банківська справа,
6.030509, 7.03050901 — Облік і аудит,
6.030504, 7.03050401 — Економіка підприємства.

Напрям підготовки — «Менеджмент"
Спеціальності :
6.030601 — Менеджмент,
7.03060101 — Менеджмент організацій і адміністрування.
7.03060104 — Менеджмент зовнішньо-економічної діяльності.

Навчальний процес за даними напрямами та спеціальностями здійснюється за кредитно-модульною системою у формі навчальних занять, індивідуальних завдань, самостійної роботи студентів, практичних занять, модульних контрольних робіт.

Введення в навчальний процес кредитно-модульної системи дало можливість підвищити загальний рівень якості навчання, збільшити відповідальність студентів за якість та ефективність їх навчання, стимулює студентів до відвідування занять, студенти прагнуть брати участь у позалекційних заходах — конференціях, семінарах, круглих столах, олімпіадах, сприяє підвищенню пізнавальної активності студентів, формуванню наукового світогляду, розвитку логічного мислення, навичок науково-дослідної роботи.

Професорсько-викладацьким складом кафедр систематично готуються та публікуються навчально-методичні посібники, монографії, методичні вказівки. Велика увага приділяється викладачам кафедри, які працюють над кандидатськими дисертаціями.

На кафедрах застосовуються такі форми організації студентської наукової роботи:
• підготовка і проведення тематичних семінарів у студентських наукових командах та секціях, у цільових та проблемних групах по обговоренню актуальних наукових проблем й шляхів їх вирішення;
• індивідуальне наукове керівництво та консультування студентів, виконуючих дослідження за самостійною тематикою, чи за темами викладачів;
участь у роботі наукових конференцій, семінарів як у якості доповідачів, так і слухачів, а також прийняття участі у дискусіях та обговореннях.
• створення та підтримка діяльності студентських наукових команд та секцій, цільових та проблемних груп студентів за окремими напрямками наукових досліджень та для комплексного вирішення конкретних проблем;
• виконання нескладних завдань за тематикою наукових досліджень викладача — наукового керівника студента, у тому числі участь у підготовці публікацій та доповідей у співавторстві з викладачем;
• організація та підтримка науково-практичного стажування студентів на українських підприємствах усіх форм власності, установах та організаціях під практичним керівництвом фахівців з цих підприємств, установ та організацій і науковим керівництвом викладачів.

За підсумками 2005 року Вінницька філія посіла перше місце в науковій роботі серед філій Європейського університету.

З метою організації студентського самоврядування у філії працює Студентський Парламент, який був створений з метою більш повного розкриття творчого потенціалу молоді, обговорення та розв’язання питань вдосконалення навчально-виховного процесу, науково-дослідної роботи.